Hoàng tử Yoshihito là con trai của Thiên hoàng Minh Trị với thị nữ Yanagiwara Naruko. Ông được sinh ra tại cung Thanh Sơn (Aoyama) ở thủ đô Tōkyō, vào ngày 31 tháng 8 năm 1879. Theo lệ thường trong cung đình lúc đó, Hoàng hậu Chiêu Hiến được chính thức xem như là mẹ của Yoshihito mặc dù bà không phải là người sinh ra ông. Ông nhận tước vị Thân vương (Shinnō) và danh hiệu "Minh cung" (Haru-no-miya) vào ngày 6 tháng 9 năm 1879. Hai người anh trước của ông đều chết yểu, bản thân ông cũng là một đứa trẻ yếu đuối.[2] Chỉ mới ba tuần sau khi sinh, Yoshihito đã mắc phải chứng viêm màng não và điều này đã ảnh hưởng tai hại đến sức khỏe của ông sau này.[3] (Đã có lời đồn rằng Yoshihito bị nhiễm độc chì do người vú nuôi của ông sử dụng các mỹ phẩm có nguồn gốc từ chì.) Cũng theo thông lệ, Yoshihito được giao cho Công tước Nakayama Tadayasu nuôi dưỡng cho đến khi ông lên bảy tuổi. Trước đó, Công tước Nakayama cũng đã nuôi dạy Thiên hoàng Minh Trị giống như vậy.

Từ tháng 3 năm 1885, Minh cung Thân vương Yoshihito chuyển đến Biệt cung Thanh Sơn, nơi ông được các gia sư dạy đọc, viết, làm toán và đạo đức vào mỗi buổi sáng. Đến chiều thì ông được các thầy học dạy thể dục thể thao. Tuy nhiên tiến độ học tập của vị Thân vương rất chậm do sức khỏe yếu kém cùng với những cơn sốt liên miên.[4] Kề từ năm 1886 trở đi Yoshihito theo học trong một lớp học mang tên "Ngôn ngữ giáo dục" (Gogakumonsho) trong Thanh Sơn cung, gồm 15-20 học sinh là con em của những gia đình Hoa tộc cấp cao và của các vương gia.[4]

Ngày 31 tháng 8 năm 1887, Yoshihito được phong làm Đông cung Thái tử (東宮 太子) và nhận lễ tấn phong vào ngày 3 tháng 11 năm 1888.

Vào tháng 9 năm 1887, Thái tử theo học cấp Tiểu học tại Học tập viện (学習院, Gakushuin) tuy nhiên vì sức khỏe yếu kém ông phải bỏ học giữa chừng. Phần lớn thời thơ ấu của Yoshihito trải qua ở những Ngự dụng để (biệt thự riêng của Hoàng gia Nhật Bản) tại những khu vực miền duyên hải như Hayama và Numazu vì khí hậu miền biển phù hợp với người có thể trạng yếu kém như ông. Thái tử cũng bộc lộ một số khả năng như tài cưỡi ngựa, nhưng ông lại tỏ ra kém tài ở những lĩnh vực cần phải tài. Cuối cùng, ông rời Học tập viện trước khi hoàn tất chương trình Trung học vào năm 1894. Thật ra thì Thái tử đã bộc lộ năng khiếu của mình về ngoại ngữ và sau khi rời trường ông vẫn đầu tư nhiều thời gian để học tiếng Pháp, tiếng Trung và lịch sử tại cung Xích Phản, nay là Xích Phản Nghênh tân quán (赤坂迎賓館, Akasaka Geihinkan). Lúc này, Thiên hoàng Minh trị giao nhiệm vụ chăm sóc Thái tử Yoshihito cho Hữu Thê Xuyên cung Thân vương Takehito. Hai ông hoàng nhanh chóng trở thành bạn thân của nhau.

Từ năm 1898, theo lời yêu cầu khẩn khoản của Itō Hirobumi (Y Đằng Bác Văn), Thái tử bắt đầu tham gia Viện quý tộc của Nghị viện Nhật Bản để học hỏi việc chính sự và quân sự của đất nước. Cùng năm đó, lần đầu tiên Thái tử tổ chức buổi đón tiếp sứ thần ngoại quốc, trong buổi tiếp đãi đó ông và sứ thần đã bắt tay và có cuộc nói chuyện suôn sẻ.[5]. Tuy nhiên, Thái tử đã bị tiêm nhiễm thái quá văn hóa phương Tây, thậm chí ông có một thói quen xấu là chêm tiếng Pháp vào câu nói của mình. Điều này khiến vua cha Minh Trị rất bực tức.[6].

Tháng Mười năm 1898, Thái tử tổ chức một chuyến vi hành, bắt đầu từ Ngự dụng để của Hoàng gia tại Numazu đến Kobe, Hiroshima và Etajima, thăm những cơ sở của Hải quân Đế quốc Nhật Bản. Năm sau, ông lại vi hành đến đảo Kyūshū (Cửu Châu), viếng thăm các công sở, trường học và nhà máy (ví dụ Nhà máy sắt thép Yawata ở Fukuoka và các xưởng đóng tàu của Mitsubishi ở Nagasaki).[7]

Năm 1902, Hoàng thái tử Yoshihito tiếp tục các chuyến vi hành nhằm nghiên cứu địa lý và văn hóa Nhật Bản; lần này ông chủ yếu thăm thú hòn đảo chính Honshū (Bản Châu). Trong chuyến đi này ông đã đến viếng ngôi chùa nổi tiếng Thiện Quang tự (善光寺, Zenkō-ji) ở Nagano.[8] Cũng trong thời gian này quan hệ giữa hai đế quốc Nga và Nhật trở nên căng thẳng, vì vậy năm ông được đưa vào quân ngũ với cấp hàm đại tá trong Lục quân Đế quốc Nhật Bản và là hạm trưởng trong Hải quân Đế quốc Nhật Bản. Dĩ nhiên chức vụ của ông chỉ mang ý nghĩa tượng trưng và tinh thần, nhưng trong thời gian tại ngũ ông đã đi thị sát các cơ sở quân sự tại Wakayama, Ehime, Kagawa và Okayama trong cùng năm 1903.[9]

Tháng Mười năm 1907, Thái tử đến thăm Triều Tiên cùng với Đô đốc Tōgō Heihachirō, Tướng Katsura Tarō và Thân vương Taruhito. Đây là lần đầu tiên Hoàng thái tử của Nhật Bản đi ra nước ngoài.[10] Sau đó, Thái tử Yoshihito bắt đầu học tiếng Triều Tiên, dù cho đến cuối đời ông cũng không thật sự giỏi ngôn ngữ này.